Descargas la versión más nueva, la descomprimes y ejecutas "make"

Con eso se actualiza. Las configuraciones existentes se preservan. Lo que no se preservan son archivos .js o .css. Si has modificado alguno de ellos, deberías hacerles copia de seguridad por las dudas. Por lo general esos archivos NO se modifican en una instalación regular, a excepción del presence.js. De todas formas la mayoría de los seteos de presence.js se movieron a una base de datos de configuración justamente para evitar esto.

Saludos,